Author: Jingcheng Yang

Email: yjcyxky@163.com

Date: 2019-01-01

Choppy for Reproducible Omics Pipeline

Choppy平台 是为了解决 Pipeline 可重复性分析而定制开发,其包含以下功能:

  • Workflow提交: 指定的cromwell server上运行workflow
  • Workflow重启: 重启之前提交过的workflow
  • Workflow查询: 获取指定workflow运行状态、metadata以及日志
  • Workflow解释: 获取失败workflow详细信息
  • Workflow监控: 监控指定workflow
  • Workflow终止: 停止指定workflow
  • JSON校验: 校验JSON输入文件
  • App安装与卸载: 支持多种方式安装App
  • App运行: 提交Samples文件运行指定App
  • OSS管理: 上传、下载、查看与复制OSS上文件
  • Docker镜像: 支持用户指定软件名-版本号自动生成Docker镜像
  • 项目文件版本控制: 支持用户对运算相关项目文件进行版本控制,并同步到choppy仓库中
  • ...

功能特点

Choppy 的特点