Choppy for Reproducible Omics Pipeline

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Choppy for Reproducible Omics Pipeline可重复性分析管理器

试一试
Choppy文档
WGS Gemline数据分析
WGS Somatic数据分析

简单易用

您从Choppy Store中找到自己需要的Choppy App安装到本地环境,用Excel表准备一个Samples文件即可开始生信Pipeline分析之旅。

跨平台

任何支持 Python2 和 Python3 语言的平台都可以运行 Choppy,包括 Windows、Mac、Linux。挑一个您喜欢的就行!但我们更推荐使用云环境,比如我们当前所支持的阿里云平台。

可重复性

Choppy 通过多种技术来保障用户生信 Pipeline 分析的可靠性与可重复性。比如:Docker、Git、对象存储、WDL 等。

开源化与标准化

所有的代码都开源在 GitHub 和 Choppy 上,赶快加入我们来共同发展这个项目!还等什么?成为贡献者吧!

Choppy快速指南

Choppy 功能特性

  • Workflow提交: 指定的cromwell server上运行workflow
  • Workflow重启: 重启之前提交过的workflow
  • Workflow查询: 获取指定workflow运行状态、metadata以及日志
  • Workflow解释: 获取失败workflow详细信息
  • Workflow监控: 监控指定workflow
  • Workflow终止: 停止指定workflow
  • JSON校验: 校验JSON输入文件
  • App安装与卸载: 支持多种方式安装App
  • App运行: 提交Samples文件运行指定App
  • OSS管理: 上传、下载、查看与复制OSS上文件
  • Docker镜像: 支持用户指定软件名-版本号自动生成Docker镜像
  • 项目文件版本控制: 支持用户对运算相关项目文件进行版本控制,并同步到choppy仓库中

Who is Using This?

This project is used by all these people

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